Rozliczenie robót budowlanych omówione zostało w załączniku nr 1 do instrukcji do wypełniania wniosku o płatność.
Jeśli beneficjent wraz z wnioskiem o przyznanie pomocy złożył kosztorys inwestorski na roboty budowlane to na etapie rozliczenia winien załączyć kosztorys różnicowy (jeśli były jakieś odstępstwa od pierwotnego kosztorysu) lub oświadczenie, iż roboty budowlane zostały wykonane zgodnie ze złożonym kosztorysem.